Ce manga raconte l'histoire de deux freres vivant dans un monde ou l'achimie est une sciences visant a manipuler les elements. Ces deux protagonistes vont avoir une enfance avec un pere presque absent, mais c'est le jour ou leur mere va mourir qu'ils vont commettre l'irréparable. En effet, en alchimie pour tout ce qu'on fabrique il faut donner quelque chose d'egal, c'est la loi de l'echange equivalent qui regit l'achimie. C'est comme ça que Alphonse le plus jeune des freres va perdre son corps et Edouard le grand frere son bras. Heureusement Edouard va reussir a enfermé l'ame de son jeune frere dans une armure. C'est comme ça que commence l'aventure des deux freres qui vont tout faire pour recuperer leur corps, mais celle ci va les entrainé dans de bien etrange affaires qui les meneront dans les plus hautes sphères de l'etat.